La Eurorregión promueve la cooperación entre diferentes agentes, públicos o privados, procedentes de los dos lados de la frontera, mediante dos herramientas financieras.

Por un lado, dispone de una política de subvenciones competitiva (la convocatoria de proyectos Aquitania-Euskadi), organizada en torno a una o varias sesiones anuales cuyas temáticas las establece la Asamblea: cultura, plurilingüismo, juventud, ciudadanía, economía del conocimiento, innovación, investigación…

Por otro lado, está dotada de una política de subvenciones directa dirigida a los agentes estructurantes que participan en la puesta en práctica de las prioridades de la Estrategia Territorial 2014-2020 de la AECT : las alianzas estratégicas.

Las primeras alianzas, establecidas bajo la autoridad de la Asamblea, cubren los siguientes campos: movilidad estudiantil, campus eurorregional de excelencia, interclustering, promoción de la cultura y del euskera, formación profesional…